Der Windsbacher Knabenchor und das Internat sind als Anstalt des öffentlichen Rechts eine juristisch eigenständige Einrichtung der Evangelisch-Lutherischen Kirche in Bayern. Als kirchliche Einrichtung nimmt der Chor teil am Verkündigungsauftrag der Kirche und repräsentiert sie als herausragender Kulturträger.
Die Evangelisch Lutherische Kirche in Bayern unterstützt die Einrichtung seit ihrem Bestehen und stellt Gelder für den Unterhalt von Chor und Internat zur Verfügung. Derzeit deckt sie rund die Hälfte des ordentlichen Haushaltes und ist damit der mit Abstand größte Zuschussgeber. Mit ihrem finanziellen Beitrag bringt die bayerische Landeskirche die hohe Wertschätzung für den Chor und sein umfangreiches Aufgabenspektrum zum Ausdruck. Umgekehrt partizipiert die Kirche von Breitenwirkung und Popularität des Ensembles, das allein mit seinen Konzerten jährlich tausende von Hörerinnen und Hörern erreicht und begeistert.
